世界各地で戦争が終結した21世紀末、世界ではカルロ・モレーリ率いる世界的犯罪組織「ブラック・オーキッド」による犯罪が増えていた。
そこで新国連はブラック・オーキッドに対抗すべく世界各地からあらゆる分野のエキスパートを集め、コードネーム「ファイアー・ストーム」の下、特殊部隊「ストーム・フォース」を設立した。
そして、その中でもエリートたちを集めたのがストーム・フォース9である。
彼らはモレーリの部下との戦闘により彼らが宇宙人であることを突き止める。
かくしてモレーリ率いるブラック・オーキッドとストーム・フォースとの戦いの幕が切って落とされた。